۲۰ تیم حاضر در مرحله‌ی سوم انتخابی جام جهانی در منطقه‌ی آفریقا، از سوی فیفا اعلام شد.
مرحله‌ی دوم این رقابت‌ها در 12 گروه 4 تیمی برگزار شده بود و علاوه بر تیم‌های سرگروه، 8 تیم از تیم‌های دوم هم به مرحله‌ی سوم صعود کردند:
جدول گروه 1:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| کامرون | 6 | 5 | 1 | 0 | 14 | 2 | 16 |
| جزایر قناری | 6 | 3 | 0 | 3 | 7 | 8 | 9 |
| تانزانیا | 6 | 2 | 2 | 2 | 9 | 6 | 8 |
| موریس | 6 | 0 | 1 | 5 | 3 | 17 | 1 |
جدول گروه 2:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| گینه | 6 | 3 | 2 | 1 | 9 | 5 | 11 |
| کنیا | 6 | 3 | 1 | 2 | 8 | 5 | 10 |
| زیمبابوه | 6 | 1 | 3 | 2 | 4 | 6 | 6 |
| نامبیا | 6 | 2 | 0 | 4 | 7 | 12 | 6 |
جدول گروه 3:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| بنین | 6 | 4 | 0 | 2 | 12 | 8 | 12 |
| آنگولا | 6 | 3 | 1 | 2 | 11 | 8 | 10 |
| اوگاندا | 6 | 3 | 1 | 2 | 8 | 9 | 10 |
| نیجر | 6 | 1 | 0 | 5 | 5 | 11 | 3 |
جدول گروه 4:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| نیجریه | 6 | 6 | 0 | 0 | 11 | 1 | 18 |
| آفریقای جنوبی | 6 | 2 | 1 | 3 | 5 | 5 | 7 |
| سیرالئون | 6 | 2 | 1 | 3 | 4 | 8 | 7 |
| گینه استوایی | 6 | 1 | 0 | 5 | 4 | 10 | 3 |
جدول گروه 5:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| غنا | 6 | 4 | 0 | 2 | 11 | 5 | 12 |
| گابون | 6 | 4 | 0 | 2 | 8 | 3 | 12 |
| لیبی | 6 | 4 | 0 | 2 | 7 | 4 | 12 |
| لسوتو | 6 | 0 | 0 | 6 | 2 | 16 | 0 |
جدول گروه 6:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| الجزایر | 6 | 3 | 1 | 2 | 7 | 4 | 10 |
| گامبیا | 6 | 2 | 3 | 1 | 6 | 3 | 9 |
| سنگال | 6 | 2 | 3 | 1 | 9 | 7 | 9 |
| لیبریا | 6 | 0 | 3 | 3 | 4 | 12 | 3 |
جدول گروه 7:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| ساحل عاج | 6 | 3 | 3 | 0 | 10 | 2 | 12 |
| موزامبیک | 6 | 2 | 2 | 2 | 7 | 5 | 8 |
| ماداگاسکار | 6 | 1 | 3 | 2 | 2 | 7 | 6 |
| بوتسوانا | 6 | 1 | 2 | 3 | 3 | 8 | 5 |
جدول گروه 8:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| مراکش | 4 | 3 | 0 | 1 | 11 | 5 | 9 |
| روآندا | 4 | 3 | 0 | 1 | 7 | 3 | 9 |
| موریتانی | 4 | 0 | 0 | 4 | 2 | 12 | 0 |
| اتیوپی | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
* اتیوپی به دلیل تعلیق از سوی فیفا از مسابقات حذف شد.
جدول گروه 9:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| بورکینافاسو | 6 | 5 | 1 | 0 | 14 | 5 | 16 |
| تونس | 6 | 4 | 1 | 1 | 11 | 3 | 13 |
| بوروندی | 6 | 2 | 0 | 4 | 5 | 9 | 6 |
| سیشل | 6 | 0 | 0 | 6 | 4 | 17 | 0 |
جدول گروه 10:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| مالی | 6 | 4 | 0 | 2 | 13 | 8 | 12 |
| سودان | 6 | 3 | 0 | 3 | 9 | 9 | 9 |
| کنگو | 6 | 3 | 0 | 3 | 7 | 8 | 9 |
| چاد | 6 | 2 | 0 | 4 | 7 | 11 | 6 |
جدول گروه 11:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| زامبیا | 4 | 2 | 1 | 1 | 2 | 1 | 7 |
| توگو | 4 | 2 | 0 | 2 | 8 | 3 | 6 |
| سوازیلند | 4 | 1 | 1 | 2 | 2 | 8 | 4 |
| اریتره | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
* اریتره از شرکت در مسابقات انصراف داد.
جدول گروه 12:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | امتیاز |
| مصر | 6 | 5 | 0 | 1 | 13 | 2 | 15 |
| مالاوی | 6 | 4 | 0 | 2 | 14 | 5 | 12 |
| کنگو کینشاسا | 6 | 3 | 0 | 3 | 14 | 6 | 9 |
| جیبوتی | 6 | 0 | 0 | 6 | 2 | 30 | 0 |
مرحله‌ی سوم با حضور این 20 تیم در 5 گروه 4 تیمی برگزار می‌شود که در پایان تیم‌های شرگروه به جام جهانی 2010 آفریقای جنوبی صعود می‌کنند.