مرحله‌ی سوم و آخر انتخابی جام جهانی ۲۰۱۰ در منطقه‌ی آفریقا برگزار شد و ۲۰ تیم راه‌یافته به این مرحله در ۵ گروه ۴ تیمی تقسیم شدند: 

گروه ۱: توگو - کامرون - مراکش - گابون 

گروه ۲: موزامبیک - نیجریه - کنیا - تونس 

گروه ۳: روآندا - الجزایر - مصر - زامبیا 

گروه ۴: غنا - بنین - سودان - مالی 

گروه ۵: ساحل عاج - مالاوی - بورکینافاسو - گینه 

در پایان مرحله‌ی سوم 5 تیم سرگروه به جام جهانی صعود می‌کنند.