تیم پرسپولیس، تنها تیم ایرانی صعودکننده از این فصل لیگ قهرمانان، با شکست در مقابل پاس همدان از گردونه‌ی رقابت‌های جام حذفی کار رفت و با توجه به مقام پنجم در لیگ برتر، عملا شانسی برای حضور در فصل آینده ی لیگ قهرمانان ندارد.
در دیگر بازجام حذفی، تیم شگفتی‌ساز این فصل یعنی مس رفسنجان با گل دقایق پایانی مغلوب تیم صباباطری قم شد و در مرحله‌ی یک‌چهارم نهایی با این مسابقات وداع کرد.
یک‌چهارم نهایی
پاس همدان 2-1 پرسپولیس
گل‌ها: جوزف ادیشون (11) و محمد غلامی (31) برای پاس؛ بهادر عبدی (80) برای پرسپولیس
بازی مرحله‌ی بعد:
راه‌آهن شهر ری - پاس همدان (24/2/1388)
یک‌چهارم نهایی
صباباطری قم 3-2 مس رفسنجان
گل‌ها: فریدون فضلی (10)، محمد نوری (2+45)، مرتضی کاشی (5+90) برای صباباطری و قاسم دهنوی (5)، حسن فیوجی (14) برای مس
بازی مرحله‌ی بعد:
ذوب‌آهن اصفهان - صباباطری قم (24/2/1388)