با برگزاری دیدارهای مرحله‌ی دوم لیگ دسته دوم باشگاه‌های کشور، 4 تیم صعود کننده به لیگ دسته یک باشگاه‌های کشور فصل 89-1388 مشخص شدند:
جدول گروه الف:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | تفاضل | امتیاز | |
| 1 | صنعتی کاوه تهران | 6 | 4 | 0 | 2 | 7 | 5 | 2+ | 12 |
| 2 | فولاد نوین اهواز | 6 | 3 | 1 | 2 | 7 | 5 | 2+ | 10 |
| 3 | ایرانجوان بوشهر | 6 | 2 | 1 | 3 | 5 | 7 | 2- | 7 |
| 4 | ذوب‌آهن اردبیل | 6 | 2 | 0 | 4 | 6 | 7 | 1- | 6 |
جدول گروه ب:
| تیم | بازی | برد | مساوی | باخت | زده | خورده | تفاضل | امتیاز | |
| 1 | مس سرچشمه | 6 | 3 | 2 | 1 | 8 | 5 | 3+ | 11 |
| 2 | نفت تهران | 6 | 1 | 4 | 1 | 4 | 4 | 0 | 7 |
| 3 | استقلال جنوب تهران | 6 | 1 | 3 | 2 | 5 | 6 | 1- | 6 |
| 4 | نیرومحرکه قزوین | 6 | 1 | 3 | 2 | 4 | 6 | 2- | 6 |
به این ترتیب تیم‌های زیر به دسته یک صعود کردند:
صنعتی کاوه‌ی تهران - مس سرچشمه کرمان - فولاد نوین اهواز - نفت تهران
برنامه‌ی مرحله‌ی سوم و پایانی لیگ دسته دو به شرح زیر خواهد بود:
نیمه‌نهایی:
1* صنعتی کاوه تهران - نفت تهران
2* مس سرچشمه کرمان - فولاد نوین اهواز
رده‌بندی:3* بازنده‌ی بازی 1 - بازنده‌ی بازی 2
فینال:
4* برنده‌ی بازی 1 - برنده‌ی بازی 2
میزبان این مرحله توسط کمیته‌ی مسابقات اعلام خواهد شد.