آیین قرعهکشی لیگ دسته دو باشگاههای کشور روز دوشنبه 24/6/1388 برگزار شد و 36 تیم حاضر در 4 گروه 9 تیمی تقسیم شدند: گروه 1 | گروه 2 | گروه 3 | گروه 4 | ماشینسازی تبریز | سرخپوشان تهران | هما تهران | شهرداری زنجان | ذوبآهن اردبیل | ایرانجوان بوشهر | نیرومحرکه قزوین | استقلال جنوب تهران | مقاومت تهران | پرسپولیس قزوین | پرسپولیس برازجان | شهرداری انزلی | سپیدرود رشت | دانشگاه آزاد لنگرود | شهرداری لاهیجان | افتخار خراسان جنوبی | فولاد یزد | شهرداری یاسوج | صنایع طلایی سمنان | آرمین تهران | سازان راه قم | پرسپولیس زاهدان | آرد گلستان | شهرداری شهرکرد | هپکو اراک | پیام شهدا کلارآباد | داماش تهران | افلاک لرستان | پالایش گاز ایلام | نفت اهواز | گاز سرخس | شهرداری همدان | صندوق ذخیره رباط کریم | نیروی زمینی تهران | سایپا شمال | مقاومت مازندران | |