سه بازی در چارچوب مرحله‌ی یک‌چهارم نهایی جام حذفی باشگاه‌های کشور برگزار شد، تا سه تیم دیگر صعود کننده به نیمه‌نهایی این رقابت‌ها مشخص شوند. 

پرسپولیس که بازی این مرحله‌اش را پیش از تعطیلات نوروز انجام داده بود، منتظر برنده‌ی بازی صباباطری قم و مس کرمان بود که تیم صباباطری با کسب پیروزی مقابل حریف خود، میهمان پرسپولیس در نیمه‌نهایی شد. 

در سوی دیگر جدول، برنده‌ی تیم‌های ذوب‌آهن اصفهان و استیل‌آذین تهران، می‌بایست با برنده‌ی دیدار دسته‌یکی گسترش فولاد تبریز و مس رفسنجان، روبه‌رو می‌شد. 

ذوب‌آهن با پیروزی در ضربات پنالتی و گسترش فولاد با برتری در وقت‌های اضافه به مرحله‌ی بعد راه یافتند تا با یک‌دیگر در تبریز ملاقات کنند. 

مرحله‌ی یک‌چهارم نهایی 

پنج‌شنبه 27/12/1388 

2-29* پتروشیمی تبریز 1-2 پرسپولیس تهران (صباباطری قم) 

پنج‌شنبه 19/12/1388 

2-27* ذوب‌آهن اصفهان 0-0 استیل‌آذین تهران (پنالتی: ذوب‌آهن 4-3 استیل‌آذین) (گسترش فولاد تبریز)

2-28* مس رفسنجان 2-4 گسترش فولاد تبریز (وقت اضافه) (ذوب‌آهن اصغهان)

2-30* مس کرمان 0-1 صباباطری قم (پرسپولیس تهران) 

مرحله‌ی نیمه‌نهایی 

پنج‌شنبه 2/2/1389 یا جمعه 3/2/1389

2-31* گسترش فولاد تبریز - ذوب‌آهن اصفهان (برنده‌ی بازی 2-32)

2-32* پرسپولیس تهران - صباباطری قم (برنده‌ی بازی 2-31)